寺院建筑群十分浩大,寺内有极为完整的排水系统和用特制的瓦筒安装的供水设施,其四周还筑有防火墙,墙外还有附属建筑物,极为雄伟壮观,是一座高规格的大型禅宗寺院。在寺院西南角约百米处,有豢檎嫉卦800多平方米的马厩,相传系当年和尚圈马之地,至今村民仍称该处为马房。另外,在少林寺南面约300米处有一座小山坡,为当年和尚放马的地方,因马群常遭虎豹伤害,称为虎咬马山坡。
福清少林寺遗址,经国家文物管理局批准,从1995年7月起由福建省和福州市联合组成的考古队进行发掘,出土了大量少林寺文物,充分验证该遗址就是史籍记载的少林寺。