明朝弘治二年(1489),于谦冤案得以平反,孝宗皇帝表彰其为国效忠的功绩,赐谥“肃愍”,并在墓旁建祠纪念,取名“旌功祠”。五百多年来,于谦祠屡毁屡建,现存建筑为清同治八年重建的旧迹,格局尚属完整,自91年5月起,先后经四次修缮,至1998年,值于谦诞辰600周年之际,于谦祠重新对外开放。于谦祠为传统型的祠堂建筑,白墙灰瓦,朱漆大门,“于忠肃公祠”几个篆书大字显得庄严肃穆。祠堂共有三进,为前殿、正殿和后殿,前殿与正殿间,有南北厢房各一,厢房北面另有配殿一间,建筑面积约900多平方米。庭院里草木葱茏、绿树成荫,是一处清幽之所。