南京九华山位于太平门内西侧,北临明城垣与玄武湖毗邻,东接富贵山,是钟山余脉西走入城的第一山丘。这里风景优美,视野开阔。登临山巅,湖光山色尽收眼底。
早在春秋时期,南京九华山名覆舟山,因其临湖一侧陡峻如削,像一只倾覆的行船而得名。南朝刘宋元嘉时,玄武湖屡见“黑龙”,武帝将山改名为玄武山;另说是因山傍玄武湖,位于城北之故。陈太建年间,玄武山称为龙山、龙舟山。
六朝时,南京九华山是都城建康重要的屏障,也是皇家花园,称为“乐游苑”。乐游苑内,楼台亭阁,风光旖旎。据史书记载,南朝时,大科学家祖冲之与北魏人索驭麟比赛指南车,地点就在乐游苑内。祖冲之发明的水碓磨,也是在乐游苑内试制成功的。隋灭陈时,乐游苑被焚毁。山南麓建有小九华寺,故俗称“小九华山”,简称九华山。
民国年间,在南京九华山建三藏塔。三藏塔下葬有唐代高僧玄奘的一部分顶骨舍利。唐玄奘原葬于西安终南山紫阁寺塔,后毁于战火。宋朝天圣五年(1027年),建康天禧寺和尚可政去紫阁寺,寻得玄奘顶骨,带回建康(今南京),埋于城南天禧寺。清咸丰年间,寺、塔均毁于战火,玄奘灵骨下落不明。1943年2月,侵华日军高森部队在三藏塔一带建“稻垣神社”,施工中挖出玄奘顶骨,日本人欲攫为己有,后经伪政府再三交涉,最终允留一部分给中方。1443年2月23日,举行玄奘法师佛骨移交仪式,灵骨由汪伪外交部长褚民谊接收,安置于九华山寺供奉。1944年覆舟山建三藏塔,葬有一部分玄奘佛骨。该塔仿西安大雁塔式样,为5级4面砖塔,南面门楣上刻有“三藏塔”三字,底层须弥座上刻有“玄奘法师灵骨”六字。
由于玄奘法师为中国佛教的发展做出了重大贡献,唐太宗曾亲自为他所译的佛经作序。他不畏艰险、矢志不渝的精神激励了千万中国人。梁启超称他为“天下一完人”,鲁迅誉之为“民族脊梁”。 1978年,南京九华山辟为公园,山上建筑为一殿一塔,配以凉亭。2003年成立玄奘寺。