石门沟位于石门镇,距县城13千米,因两山对峙,峭壁如门,故名“石门”。深入峡谷10千米处是新开辟的石门森林草原度假旅游区,以水草丰美,林木茂盛,药水神泉,幽谷怪石和特有的民族风情而闻名。石门沟景区旅游景点遍布,分布于石天公路17~28千米之间,山峰有“骆驼天祝藏族自治县山峰”、“犀牛望月”、“高峡锁月”等奇特景观。风景区建有藏、土、蒙古等民族特色的旅游服务接待点10处,有不同民族特色的帐篷、房屋和古典式可移动的小木屋;有高标准赛马场。民族特色饮食,民族歌舞表演,游客骑马比赛,藏、土族婚俗,篝火晚会等各具魅力。主要旅游接待点有草原公园、民族风情度假村、石门山寨、百花滩民俗风情苑、土族风情园、蒙古度假村、云雾山庄、驼宝苑、卓芳天盛、香巴拉娱乐园等。
药水神泉在石门沟内的药水山下,泉水内含有多种有益于人体的微量元素,终年温度14℃,据传具有神奇的疗效,原有108眼,后因各种原因,只有10余眼泉出水,每眼泉的水都有不同的治疗功能,如治胃、治肺、治眼睛、治皮肤病、治瘟疫等等。清乾隆年间,大呼图克图三世土观·洛桑曲吉尼玛曾为药水神泉举行隆重的开光仪式,周围数十里内的各族群众参加了这次大型佛事活动。在此之前很早的年代,药水神泉的神奇疗效就被附近的群众发现,寺院的藏医试验确定了每眼泉所具有的功效,并在泉石上用藏文刻上标记,这些标识性文字和药师佛像至今犹存。民国以前,常于夏天在这里举行药水节,人们有病便来取水饮之。2002年,在泉边修建了药王佛殿、佛塔和石拱桥。