海洋动物馆座落在集美石鼓路南段水产学院校门内。海洋动物馆是集旅游、教学、科普知识教育服务,并具有较高的观赏价值的海洋自然博物馆。分鲸馆、热带鱼类馆、海洋无脊椎动物馆和水族馆四个部分。其规模、种类、数量仅次于我国青岛水族馆,而居全国第二位。
海洋动物馆最突出的而且最受人们注目的是鲸馆。鲸属于胎生的海洋哺乳类动物,不属于鱼类,只是形状象鱼而已。本馆展览的是世人罕见的一只抹香鲸,重25吨,长12.5米,整身占据大教室的一半。这条抹香鲸是在1985年12月在福鼎县秦屿海滩上捕获的。当时共有12只,是集体自杀中最大的一条,雌性,7岁,每小时可游10多海里,每分钟300多米,能潜入海面以下2200米的深度,且能历时1-2小时。抹香鲸经济价值和药用价值很大,最可贵的是龙涎香,酷似麝香胜似麝香,只要吸收一点就会奇香扑鼻,经久不变。现在排在鲸馆里的是经过去肉留皮留骨精制的标本,形态完整。
鲸馆中,还展示着巨鲸骨骼,用架子撑住,占了半间教室。
此外,还有鱼、中华白海豚、中华鲟等,最大的是网纹,体盘宽1.5米多,全国目前仅此一尾。还有几只鲟是一种软骨硬鳞由祖先遗留下来的特征。主要分布在我国沿海、长江、钱塘江、珠江等处,为溯河洄游鱼类,它的眷恋性很强。如一只被击伤,其他同群成员都围绕受伤的同伴,不忍舍弃。 热带鱼类馆,最突出的特征是体色艳丽,体态婀娜多姿,异彩纷呈,具有很高的观赏价值。它们中主要有红地图鱼(星丽鱼)、神仙鱼、香吻鱼、接吻鱼、花眉鱼等。地图鱼因身上有很多红色花纹,像地图一样,故名。接吻鱼很有亲情,雌雄互爱,时常接吻。
在海洋生物馆里,主要展出海洋底栖无脊椎动物,共有58种,单单海绵就有9种,腔肠动物100种,多毛类环节动物31种,还有软体动物、甲壳动物、棘皮动物等,他们大多来自我国西沙群岛和本省沿海。
在珊瑚标本柜中,种类多不胜数,又洁白又美丽,如鹿角珊瑚、细孔绕石珊瑚、佳丽鹿角珊瑚等。